食品經營許可證和衛生許可證是兩種不同的許可證，其主要區別在于其頒發機構和監管范圍。

1. 頒發機構：食品經營許可證由食品藥品監督管理部門頒發，而衛生許可證由衛生行政部門頒發。

2. 監管范圍：食品經營許可證的監管范圍是從事食品銷售和餐飲服務活動的合法主體，而衛生許可證的監管范圍是從事食品生產及餐飲店的經營活動的單位和個人。

另外，盡管在2016年取消了食品衛生許可證，但并不意味著食品經營許可證可以代替衛生許可證。相關規定仍需遵循，例如從事食品生產經營的單位和個人仍需符合衛生行政部門的相關要求和標準，以保障公眾的食品安全和健康權益。