朝陽區衛生許可證的辦理流程一般包括以下幾個步驟：

1. 準備相關資料：包括衛生許可證申請書、營業執照、法人身份證、經營場所使用證明或租賃協議、房產證明等。

2. 提交申請：將相關資料提交給所在地的市場監督管理部門或衛生健康委員會。

3. 現場核查：市場監督管理部門或衛生健康委員會會對申請人的經營場所進行現場核查，檢查經營設施、衛生條件等是否符合相關法律法規和標準。

4. 審核和審批：市場監督管理部門或衛生健康委員會會對申請材料進行審核，并對現場核查結果進行評估。如果符合要求，將頒發衛生許可證。

在辦理過程中可能會遇到一些疑難問題，以下是一些常見問題的處理方法：

1. 申請材料不齊全或不符合要求：如果申請材料不齊全或不符合要求，市場監督管理部門或衛生健康委員會會要求申請人補充或更正申請材料。如果申請人無法提供符合要求的材料，可能會被拒絕受理申請。

2. 經營場所不符合衛生條件：如果經營場所不符合衛生條件，市場監督管理部門或衛生健康委員會會對申請人提出整改要求，直到符合相關法律法規和標準才會頒發衛生許可證。

3. 存在違法行為：如果申請人在經營過程中存在違法行為，市場監督管理部門或衛生健康委員會會對申請人進行調查和處理，可能會影響申請人的資質和信譽。

在辦理朝陽區衛生許可證時，需要認真了解相關法律法規和標準，準備齊全的申請材料，并配合市場監督管理部門或衛生健康委員會的現場核查和審核工作。如果遇到問題，可以積極與相關部門溝通并尋求解決方案。