北京朝陽區食品經營許可證辦理時遇到疑難問題，可以采取以下措施：

1. 咨詢當地食品藥品監管部門或相關部門，了解具體的政策和要求，以及辦理流程和所需材料。可以通過電話、網站、現場咨詢等方式進行咨詢。

2. 如果在申請過程中遇到材料不齊全或其他問題，可以通過咨詢代辦機構或當地相關部門進行補充或修改。代辦機構可以為您提供全面的咨詢和辦理服務，包括準備申請材料、提交申請、審核材料、現場檢查和頒發許可證等環節。

3. 如果在現場檢查中發現不符合要求的地方，可以通過代辦機構或咨詢當地相關部門進行整改和調整。代辦機構可以幫助您了解相關的衛生和安全要求，并提供必要的支持和指導，以確保您的現場設施符合標準。

4. 如果您在辦理過程中遇到疑難問題，可以向當地相關部門或代辦機構進行咨詢和求助。相關部門或代辦機構會為您提供的指導和解決方案，幫助您攻克疑難問題，并實時進行修改調整。

需要注意的是，具體的辦理流程和所需材料可能因地區和政策的不同而有所差異。因此，建議您在辦理前先了解當地的政策和要求，并咨詢相關部門的網站或咨詢窗口，以確保您了解新的辦理流程和所需材料