辦理食品經營許可證的流程和材料如下：

流程：

1. 填寫食品經營許可證的申請表。

2. 攜帶本人身份證、個體工商戶營業執照或法人登記證等主體資格證明的原件或者復印件，從業人員身份證復印件和健康證，經過原件核對后，提交營業執照，然后制定食品安全管理制度。

3. 繪制店鋪的平面圖，提交繳納稅費單據證明，證實自己所使用的水是正規自來水公司提供的。

4. 到當地市場監督管理局提交如下資料：

5. 《食品流通許可申請書》。

6. 《名稱預先核準通知書》復印件。

7. 與食品經營相適應的經營場所的使用證明。

8. 負責人及食品安全管理人員的身份證明。

9. 與食品經營相適應的經營設備、工具清單。

10. 與食品經營相適應的經營設施空間布局和操作流程的文件。

11. 食品安全管理制度文本。

12. 省、自治區、直轄市工商行政管理局規定的其他材料。

13. 檢測符合規定后，即可依法取得食品經營許可證。

所需材料：

1. 食品經營許可申請表。

2. 營業執照或者其他主體資格證明文件復印件。

3. 法定代表人或負責人的身份證明復印件。

4. 經營場所的具體位置，如方位圖、與食品經營相適應的經營平面布局流程圖，包括主要設備設施布局、操作流程等文件。

5. 食品安全管理制度清單。

6. 《授權委托書》及被委托人身份證明復印件，申請人委托代理人提出許可申請時提交。

7. 其他材料。

在辦理食品經營許可證的過程中，可能會遇到以下疑難問題：

1. 如何填寫申請表？

2. 需要提交哪些材料？

3. 如何制定食品安全管理制度？

4. 如何提供經營場所的具體位置和相關文件？

5. 如何準備食品安全管理制度清單？

6. 如果委托代理人辦理，需要提交哪些材料？

7. 如果經營場所有多個樓層或區域，如何繪制平面圖？

8. 如果經營場所的設備、工具或設施有變動，需要重新申請許可證嗎？

9. 申請過程中需要支付哪些費用？如何支付？

10. 如果申請被拒絕或需要修改材料，應該如何處理？

以上問題可能會因地區和具體情況而有所不同，建議在辦理前咨詢當地市場監督管理局或相關機構以獲取更詳細的信息和指導。