門頭溝區食品經營許可證（小規模餐飲許可證）的辦理流程一般包括以下幾個步驟：

1. 準備相關資料：首先，需要根據業務類型準備相應的申請資料。對于從事食品餐飲服務的業務，需要提供的材料可能包括《食品衛生許可證申請表》、營業執照、法定代表人身份證明等。

2. 提交申請：將準備好的資料提交給門頭溝區衛生健康監督所或市場監督管理局進行審核。

3. 現場核查：在提交申請后，相關部門會對經營場所進行現場核查，核實申請材料的真實性以及經營場所是否符合食品安全標準。

4. 審核批準：如果現場核查通過且申請材料齊全、符合法定形式，相關部門將予以批準并頒發食品經營許可證。

在辦理過程中，如果遇到疑難問題或需要免核查的情況，可以嘗試以下處理方式：

1. 咨詢相關部門：在辦理過程中，如果遇到材料不齊全、不符合法定形式等問題，可以咨詢相關部門的工作人員，了解具體的辦理要求和流程。

2. 尋求幫助：可以尋求的第三方服務機構或律師的幫助，他們可以提供的指導和支持，協助解決辦理過程中的疑難問題。

3. 申請免核查：對于部分符合條件的申請人，可以嘗試申請免核查。具體的免核查條件和流程需要咨詢相關部門或機構。

需要注意的是，具體的辦理流程和材料要求可能會因地區和政策的不同而有所差異。因此，在辦理前好先咨詢當地相關部門或機構，了解詳細的辦理要求和流程。同時，要遵守相關法律法規和規定，確保申請的合法性和規范性。